mongdb を Ctrl+C で停止するたびに lock がおかしくなるのか深追いしてないけど、--repair が必要な状況になるので @ursm から daemonize する方法を教えてもらった。
mongod --dbpath=$HOME/misc/mongodb/db --fork --logpath=$HOME/misc/mongodb/logfile
logfile はディレクトリじゃなくてファイルというところに注意。当面はこれで使ってみることにする。