動かない箇所を調べてみたら、独自に拡張しているコードの中に dynamic finder や find(:all, ...) が残っていたのが原因だった。Rails 4 あるある。
find(:all, ...)
一通り直して、issue の作成と ML 連携が動いているところまで確認したので再度デプロイして終わり。