timezone-data を 2014f にアップデートしてから rubyci の Time のテストが落ち続けていて なんだろうと @n0kada さんのアドバイスを元に調べていたら、/usr/share/zoneinfo/right といううるう秒を扱うタイムゾーンがデフォルトではインストールされなくなった、というのが原因らしい。
/etc/portage/package.use に sys-libs/timezone-data right_timezone
というのを追加したら /usr/share/zoneinfo/right 配下にうるう秒を考慮した timezone がインストールされたので解決。