後ろの席に座っているくろださんがはまっていたのでメモっておきます。
github の issue で reopen を繰り返している Unable to install plugins that depend on nokogiri in Vagrant 1.6+ · Issue #3769 · mitchellh/vagrant のコメントの内容が一番簡単に解決する方法です。
/Applications/Vagrant/embedded/gems/specifications/vagrant-1.6.2.gemspec
の中に既に存在する dependency 指定の上あたりに
s.add_dependency(%q<nokogiri>, ["< 1.6.2"])
を追加すれば、libxml2 と libxslt のビルド方式が変わった 1.6.2 が入らずに同梱している 1.6.1 が使われます。
これ、なんで plugin install 時に同梱している nokogiri を更新しようとしているのか意味不明なんだけど、もうちょい深追いしないとだめかなあ。