いつしか github との通信を高速化する方法として紹介されていた
Host github.com Compression yes Ciphers arcfour256
の設定のうち、Ciphers arcfour256 が原因で github と通信できなくなっていた。なにやら github の OpenSSH が対応しないバージョンか設定になったらしい。特に体感出来ていなかったので .ssh/config から設定を削除して解決。
Ciphers arcfour256