詳細は ghqを使ったローカルリポジトリの統一的・効率的な管理について - delirious thoughts を読んでください。詳しい内容は全部書いてます。
んでもって、現状からどう移行すればいいのかという話ですが、今まで cpan, gems, rails みたいに何となく分類していたディレクトリを全部まるっと go 準拠の構造に移行するスクリプトをでっちあげました.
https://github.com/hsbt/scripts/blob/master/git-go.rb
自分は ~/Documents を ~/src のように使っているので target dir は ~/Documents になってますが、適当に変えて使ってください。